Team Galaktik gelingt es, aus den drei Pokémon von den Seen einen Kristall zu extrahieren, mit dem die sogenannte rote Kette hergestellt werden soll. Diese wiederum wird benötigt, um zwei legendäre Wesen zu erwecken. Während Zyrus und seine verbrecherische Organisation ihrem Ziel einen großen Schritt näher gekommen zu sein scheinen, machen sich Diamant, Perl und Platinum sowie ihre Unterstützer auf den Weg zum Kraterberg.