Lene und die Blumenmafia erzählt die Geschichte einer auf den ersten Blick ungleichen Freundschaft. Lene ist gerade erst nach Frankfurt gezogen, als sie Jonathan kennenlernt. Kurz danach wird die kostbare Zuchtpflanze von Lenes Nachbarin gestohlen. Jonathan und sie machen sich auf eigene Faust auf die Suche und stoßen dabei dank Jonathans Tricks am Computer bei ihren Recherchen auf eine skrupellose Blumenmafia, die in der Szene ihr Unwesen treibt. Mit Mut und Köpfchen stürzen sich die beiden jungen Detektive ins Abenteuer und meistern dabei gemeinsam gleich noch ein paar Herausforderungen in ihrem Familienleben.