Die letzten viereinhalb Lebensjahre des Humanisten wurden von den Umständen der Vertreibung Herzog Ulrichs aus Württemberg (1519) überschattet, in deren Folge Reuchlin Stuttgart verließ und als Professor für Griechisch und Hebräisch in Ingolstadt (1520) und Tübingen (1521/1522) wirkte. Der Briefwechsel dieser Jahre dokumentiert aber auch, dass Reuchlin sich von Luthers Reformation der Kirche distanzierte, während sein eigener Prozess gegen die Kölner Theologen im Sommer 1520 in Rom mit einer Niederlage zu Ende ging. Diese Zurückhaltung entfremdete ihn schließlich auch von seinem Lieblingsschüler Philipp Melanchthon, dessen Berufung nach Wittenberg Reuchlin 1518 noch selbst vermittelt hatte.