En Afrique de lOuest les écosystèmes naturels et anthropisés constituent les principales sources dénergie. La préservation de ces écosystèmes savère pourtant indispensable pour toute politique datténuation des émissions de gaz à effet de serre, surtout le CO2. Cette recherche est porté sur lanalyse des flux de CO2 dans trois types décosystème sous climat soudanien au Bénin. Il sagit spécifiquement dune forêt claire cultivée, dune forêt claire classée et dune savane cultivée dans le bassin versant de la Donga. A léchelle annuelle, pendant que la forêt classée (Bellefoungou) et la savane cultivée (Nalohou). séquestraient respectivement en moyenne 640 ± 50 et 232 ± 27 g C m-2 en considérant la période de mesure, la forêt cultivée (Nangatchori) était en équilibre avec 29 ± 16 g C m-2. Globalement, les écosystèmes étaient plus efficients dans lutilisation de leau dans la matinée et la saison humide que laprès midi et la saison sèche. Létude a révélé que la variabilité inter-annuelle de la séquestration de carbone par la savane cultivée était principalement contrôlée par la variabilité de la respiration de lécosystème en réaction à la variation de lhumidité du sol.