In Teil 2 werden nach einem Annex zu Teil 1 die morphologischen Beziehungen der Bivalvia zu anderen Mollusca und Arthropoda diskutiert. Eine wichtige Informationsquelle ist der mineralische Aufbau der Muschelschalen. Der Hauptteil von Teil 2 beschäftigt sich mit der Bedeutung und Anwendung der Molekulargenetik. Die sogenannte Tripelmethode gründet sich auf der Häufigkeitsverteilung von aufeinander folgenden Tripeln der Basen A, G, T und C der Chromosomen oder Mitochondrien auf grafische oder numerische Weise. Eine Menge von 24 vollständigen mitochondrialen Genomen von Bivalven und 5 Gastropoden, die von der NCBI-Datenbank stammen, wird in dieser Weise untersucht. Sofern keine größeren Fehler in der Bestimmung der Basenfolge vorliegen, ähnelt zum Beispiel Solemya einigen Unionacea. Andere Arten sind mit Arca, Lutraria (Bivalvia) oder Haliotis (Gastropoda) vergleichbar. Für taxonomische und phylogenetische Zwecke müssen viele Genome analysiert und die Tripelmethode mit dem genomischen Sequenzalignment und anderen Charakteristika verglichen werden, wie zum Beispiel dem Bau der Kiemen, der Schale, der Morphologie und der Ontogenese der Bivalvia.